審判實踐中認定一份合同是否屬于特許經營合同存在較大分歧。通過對全省特許經營合同糾紛案件的分析，可以發現協議雙方簽訂的合同名稱五花八門，有《經銷合同書》、《區域經銷協議書》、《加盟代理協議》、《授權代理合同書》、《特許經營協議書》等等，合同名稱中直接涉及特許經營的比例并不高。因此，單從合同名稱本身并無法直接判斷雙方之間屬于何種法律關系。
如何判斷雙方之間是否屬于法律意義上的特許經營合同關系，應重點結合《條例》第三條的規定，即特許經營法律關系的本質特征在于特許人將其擁有的注冊商標、企業標志、專利、專有技術等經營資源以合同形式許可被特許人使用，被特許人按照合同約定在統一的經營模式下開展經營，并向特許人支付特許經營費用的經營活動。被特許人在經營過程中，應當接受特許人的監督管理，雙方之間存在一定程度的依附關系。因此，依照上述規定，對雙方合同中的具體內容進行審查，雙方在合同實際履行過程中的權利義務內容是否符合特許經營合同的基本特征是判斷的重要標準，不應簡單地將合同名稱作為定性的主要依據。
要注意將特許經營合同與普通的產品經銷合同、知識產權許可使用合同區分開來。產品銷售合同或知識產權許可使用合同僅涉及特定產品銷售或特定知識產權使用的許可，產品提供方僅為其產品質量負責，知識產權許可方僅擔保其權利的有效性和完整性，此外并不擁有更多的監督、管理、培訓、技術支持等權利或義務。通過對一些案件的分析可以發現，雖然合同雙方的內容涉及商標的授權使用和經營管理模式的統一要求，但實際履行時只是存在單純的貨物買賣關系，雙方發生糾紛的原因也只是因為對貨款的結算存在爭議，對于此類案件就不宜按特許經營合同糾紛案件進行處理。
實踐中還有一種情況也比較經常出現，就是雙方會在合同中約定一方以另一方的分支機構、子公司或者控股公司進行注冊并經營，當事人往往主張不屬于特許經營合同，對此應當“要透過現象看本質”，重點結合該約定的具體履行情況判斷合同性質。
