特許經營在中國的增長勢頭有增無減，根據《條例》及《商業特許經營備案管理辦法》的規定，特許經營備案的整體流程，應該包括以下五個環節：
1、準備備案材料。
特許人首先應準備企業自身能夠準備的下列材料(1)商業特許經營基本情況;(2)中國境內全部被特許人的店鋪分布情況;(3)特許人的市場計劃書;(4)企業法人營業執照復印件或其他主體資格證明的復印;(5)與特許經營活動相關的商標權、專利權及其它經營資源的注冊證書復印件;(6)特許經營合同樣本;(7)特許經營操作手冊的目錄(須注明每一章節的頁數和手冊的總頁數，對于在特許系統內部網絡上提供此類手冊的，須提供估計的打印頁數);(8)經法定代表人簽字蓋章的特許人承諾;(9)如果開展特許經營的產品和服務根據國家法律法規規定需要經過批準的，須提交相關主管部門的批準文件。
2、申請開具兩店一年證明。
根據《條例》規定，“兩店一年”的證明由直營店所在地的設區的市級商務主管部門開具，直營店在不同地區的，分別由其所在地的社區的市級商務主管部門開具。辦理特許經營兩店一年證明需要向相關部門提供的材料，各省市不完全一致，需要個別落實，一般需要提交以下材料：(1)申請函(說明企業情況并申請出具直營店證明的公函);(2)年檢通過的企業(法人)營業執照副本原件和復印件(需加蓋企業公章);(3)相關直營店營業執照副本原件和復印件;(4)企業法人代表(或非法人企業的負責人)身份證原件和復印件;(5)直營店鋪所在地租賃協議;(6)直營店鋪所用房屋租賃協議、產權證;(7)直營門店內外照片各一張(照片及電子文檔);(8)特許經營合同樣本;(9)與特許經營直接相關的商標權、專利權及其它經營資源的注冊證書(如果注冊商標、專利、其他經營資源已由相關部門受理的，需提交受理通知書;如果注冊商標、專利、其他經營資源是他人授權使用的，需提交許可使用授權書)原件及復印件;(10)直營店經營情況表;(11)國家法律法規規定經批準方可開展特許經營的產品(汽車、書報雜志、藥品、農藥、農膜、原油、成品油、化肥、音像制品、糧食、植物油、食糖、煙草、棉花等)和服務，須提交相關主管部門的批準文件的原件及復印件;(12)企業委托受委托人辦理的，提交授權委托書原件和復印件及受托人的身份證原件和復印件。以上材料一式兩份。
需要注意的是，直營店位于境外的，特許人應當提供直營店營業證明(含中文翻譯件)，并經當地公證機構公證和中國駐當地使領館認證。在2007年5月1日前已經從事特許經營活動的特許人不適用于上款的規定，但應當提交特許人與中國境內的被特許人訂立的第一份特許經營合同。
3、到備案商務主管部門領取備案號
(1)備案主管部門的確定
根據《條例》第八條和《辦法》第三條的規定，商務部及省、自治區、直轄市人民政府商務主管部門是商業特許經營的備案機關。在省、自治區、直轄市范圍內從事商業特許經營活動的，向特許人所在地省、自治區、直轄市人民政府商務主管部門備案;跨省、自治區、直轄市范圍從事特許經營活動的，向商務部備案。2009那年4月商務部下發通知，將跨省從事商業特許經營活動的企業備案工作委托省級商務主管部門承擔。2011年11月7日通過的修訂后的《商業特許經營備案管理辦法》第四條規定，商務部可以根據有關規定，將跨省、自治區、直轄市范圍從事商業特許經營的備案工作委托有關省、自治區、直轄市人民政府商務主管部門完成;第四條第二款規定，受委托的省、自治區、直轄市人民政府商務主管部門未依法行使備案職責的，商務部可以直接受理特許人的備案申請。2012年8月17日，商務部辦公廳在關于進一步做好商業特許經營管理工作的通知中規定，各省級商務主管部門可根據實際需要，將備案材料受理和初審工作交由縣級以上商務主管部門承擔，以加強對特許人的屬地化管理。
據此，自2009年5月1日起，除了境外特許人備案工作仍由商務部承擔外，其他開展特許經營活動的特許人應向省級商務主管部門進行備案，部分地級市或縣負責備案材料的受理和初審工作。但也有個別省把備案工作授權給了下屬的地級市。例如，河北省2012年12月6日發布《河北省關于下放商業特許經營備案工作的通知》，自2013年1月1日起，商業特許經營備案工作交由設區市商務局辦理，縣(區)級商務部門負責出具“兩店一年”證明。《山西省商業特許經營備案管理辦法(試行)》第五條規定，在山西省境內從事特許經營的特許人向所在地設區市商務主管部門備案，跨市經營的向省商務廳備案。
因此，我國負責特許經營備案的部門包括商務部商務主管部門、省級商務主管部門和部分設區市級商務主管部門。
(2)領取備案號(登錄號)
登錄號是特許人通過網絡申請備案的唯一身份憑證，特許人在獲取商務部備案系統網站登錄號以后，輸入登錄號及密碼，即可進行備案頁面的備案操作，上傳和修改文件。通過登錄號的投放和獲取，保證特許人能在自己的空間中接受公眾的監督和備案機關的管理，將不確定的安全因素降低到最低。領取登錄號只是申請備案前的一個身份審查過程，正如企業辦理登記以前應該去工商行政管理機關領取登記表格一樣，屬于備案前的準備工作之一，不屬于《條例》第九條規定的期限開始之日正式申請備案時間應從特許人獲得登錄號以后通過網絡提交全部文件資料完成之日起開始計算。
4、網上備案申報
(1)登錄備案頁面。特許人須登錄“商業特許經營信息管理系統”的企業端登錄頁面：http://txjy.syggs.mofcom.gov.cn/，在左側“企業登錄”處輸入備案機構發放的用戶名和密碼、驗證碼，(密碼有大小寫之分)。首次登錄后，系統會強制要求用戶修改密碼，系統會列出在領取號碼時錄入的經辦人信息供用戶核對，并補充輸入“聯系人手機電話號碼”這一項，點擊保存后系統會自動退出。退出以后，系統會直接跳轉至登陸頁面，直接輸入備案機關核發的用戶名及上述步驟中設置的新密碼，系統左側立即提示特許人名稱為備案申請人，即特許人企業名稱，同時注明備案機關的名稱是商務部或省自治區直轄市商務行政管理機關，此時顯示的備案企業備案狀態一般為“未提交”(還有已申報、已備案兩種狀態)，同時備案號顯示為空白，待備案通過后即可顯示備案號。(2)直接在網上填報下列三項材料：1)商業特許經營基本情況;2)中國境內全部被特許人的店鋪分布情況;3)特許人的市場計劃書。(3)下列七項材料應當在網上提交便攜文件格式(PDF)的電子版材料：4)企業法人營業執照復印件或其他主體資格證明的復印件;5)與特許經營活動相關的商標權、專利權及其它經營資源的注冊證書復印件;6)由設區的市級商務主管部門開具的符合《條例》第七條第二款規定的證明文件;直營店位于境外的，特許人應當提供直營店營業證明(含中文翻譯件)，并經當地公證機構公證和中國駐當地使領館認證(在2007年5月1日前已經從事特許經營活動的特許人不適用于上款的規定，但應當提交特許人與中國境內的被特許人訂立的第一份特許經營合同);7)特許經營合同樣本;8)特許經營操作手冊的目錄(須注明每一章節的頁數和手冊的總頁數，對于在特許系統內部網絡上提供此類手冊的，須提供估計的打印頁數);9)國家法律法規規定經批準方可開展特許經營的產品和服務，須提交相關主管部門的批準文件;10)經法定代表人簽字蓋章的特許人承諾。(4)提交申請。用戶填完所有需要填報的資料，可以點擊“另存為word”把申報表格保存，經核實無誤后，也可以點擊“申報”提交申請，同時在申報后，該備案企業的備案狀態變更為“已申報”此后，用戶將不能再自行修改申報材料內容。
5、商務主管部門審核公布
根據《商業特許經營備案管理辦法》第十條的規定，備案機關在收到特許人提交的符合本辦法第五條規定的文件、資料之日起10日內予以備案，并在商務部網站予以公告。上述規定的起始時間以備案機關收到申請備案的特許人網上申報材料之日計算，如果特許人提交的資料不符合規定的要求，備案機關會要求申請備案的特許人在7日以內補充有關資料需要補充資料的，起始時間從申請備案的特許人補交資料之日起重新計算。備案管理機關發現已經通過的備案企業出現上述情況，核實情況后，有權直接撤銷該企業備案，通過特許人預留的電子信箱通知備案特許人，并在撤銷備案企業名錄中予以公布。
