特許經營法律關系通常是以合同的形式成立的，且雙方的權利義務也都是通過特許經營合同來確定的，因此特許經營合同在特許經營中起著關鍵性的作用。其具有以下三個特征：
(1)特許經營合同具有雙務有償性
特許經營合同中約定了合同雙方的權利義務，一方當事人將其擁有的商標、企業標識、經營模式等經營資源許可另一方當事人使用，而另一方當事人要按照合同約定在統一經營模式下開展經營，并向特許人支付一定額度的對價，他們互負對待給付義務。且雙務合同中的同時履行抗辯權、不安抗辯權等同樣適用于特許經營合同，因此可以認為特許經營合同是一種雙務有償合同。
(2)特許經營合同效力具有繼續性
特許經營合同并非一次給付即可完結，按照特許經營合同的相關規定，特許人要給被特許人提供經營指導、技術支持和業務培訓等服務，這些都是長期和延續性的服務。《條例》第13條規定，除被特許人同意的情況，特許經營合同約定的特許經營期限應當不少于3年，但是特許人和被特許人續簽特許經營合同的，不受上述條件限制。
如果雙方不約定期限，而被特許人又持續地支付特許經營費，就可以視為合同關系無止境地延續而不消滅。從這些特征看來，特許經營合同就是繼續性合同。其與一時性合同的區別在于兩方面：一是繼續性合同在合同無效或撤銷時不具有溯及既往的效力，當事人主張無效或撤銷前的法律關系并不受影響;二是合同解除權產生的原因不同，繼續性合同依賴于一定的信賴基礎，當信賴基礎喪失時，合同一方當事人可以解除合同，因而此類合同可以因為情勢變更而解除。
(3)特許經營合同具有雙方地位不對等性
特許經營合同雙方地位的不對等性并不代表合同是由不平等主體簽訂的，與一般的合同無異，特許經營合同也是平等民事主體之間簽訂的協議。
但是，特許經營人是商標、專利和專有資源等經營資源的所有人，且絕對性地掌握具有商業秘密性質的經營模式，通常具有比較強的經濟實力，而被特許人通常只能通過特許人的描述來對特許人進行了解。這種信息的不對稱性使得特許人與被特許人之間的法律地位不平等，被特許人很可能會由于信息的掌握度不夠而受到權益侵害，因此法律會向被特許人傾斜，如《條例》中專門規定了特許人有信息披露的義務。
