加盟店與連鎖店的主要區別：
1、產權關系不同。加盟連鎖(特許連鎖)是獨立主體之間的合同關系，各個特許加盟店的資本是相互獨立的，與總部之間沒有資產紐帶;而直營連鎖店都屬于同一資本所有，各個連鎖店由總部所有并直接運營、集中管理。這是加盟連鎖與直營連鎖最本質的區別。特許經營總部由于利用他人的資金迅速擴大產品的市場占有率，所需資金較少。相比之下，直營連鎖的發展更易受到資金和人員的限制。
2、法律關系不同。加盟連鎖(特許連鎖)中特許人(總部)和被特許人(加盟店)之間的關系是合同關系，雙方通過訂立特許經營合同建立起關系，并通過合同明確各自的權利和義務。而直營連鎖中總部與分店之間的關系則由內部管理制度進行調整。
3、管理模式不同。加盟連鎖(特許連鎖)的核心是特許經營權的轉讓，特許人(總部)是轉讓方，被特許人(加盟店)是接受方，特許經營體系是通過特許者與被特許者簽訂特許經營合同形成的。各個加盟店的人事和財務關系相互獨立，特許人無權進行干涉。而在直營連鎖經營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經營中的各項具體事務均有決定權，分店經理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。
4、涉及的經營領域不完全相同。直營連鎖的范圍一般限于商業和服務業，而加盟連鎖(特許連鎖)的范圍則寬廣得多，除商業、零售業、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息產業等領域。
通俗一點可以這樣理解：
連鎖分為兩種：
一種為自營連鎖： 唯一法人，所有分店都為自己投資建設，統一采購，統一配送、統一標識、統一營銷策略、統一價格、統一核算。
另一種為加盟連鎖：唯一的商標持有人，加盟者向持有人繳納一部分品牌使用費，并按照持有人規范使用店的標志、色彩、形象等規范來建設新店。每店為獨立法人。
連鎖店包括加盟店，加盟店又稱連鎖加盟店，是連鎖的一種形式;
連鎖店,即是與總部的經營思路一致象肯德基那樣的分店。
加盟店是店主做老板從總部進貨自主盈虧的那種店。
連鎖店是一個店發達了，又開了一堆店 ，加盟店是一個店發達了，想開連鎖但又怕麻煩，就請別人來加盟，合作共贏。
